Období 1998 – 1999
Počátkem roku 1997 skončilo pětileté funkční období první Rady České televize, jejímž předsedou byl po většinu období Jiří Grygar. Nové členy Rady ČT zvolila Poslanecká sněmovna v únoru a počátkem dubna 1997. Nově konstituovaná Rada ČT vzápětí přijala své programové prohlášení a dne 16. dubna zvolila svým předsedou Jana Jiráka. Nové Radě ČT připadl nelehký úkol vyhlásit a provést výběrové řízení na obsazení funkce generálního ředitele ČT na příští funkční období, neboť Ivovi Mathé měl koncem března 1998 jeho dosavadní mandát skončit.
V září 1997 Rada ČT informovala o podmínkách výběrového řízení, které oficiálně vyhlásila dne1. prosince 1997. Výběrové řízení uzavřela dne4. února 1998 volba: generálním ředitelem České televize se od1. dubna 1998 stal Jakub Puchalský.
Nový generální ředitel ČT bezprostředně po svém nástupu provedl výraznou rekonstrukci nejvyššího vedení ČT. Z ČT odešla část vedoucích pracovníků a na jejich místa přišli noví lidé, z nichž někteří neměli dosud větší zkušenosti z práce v televizi. Nečekaným problémem v genezi managementu ČT byl po necelých dvou měsících odchod nově jmenovaného šéfredaktora zpravodajství Ivana Kytky po neúspěšném pokusu o reformu vnitřního fungování redakce.
Ve shodě se svým projektem avizoval generální ředitel strukturální změny v ČT, které se měly opřít také o studii provozního prostředí České televize, jejímž vypracováním byla pověřena společnost Coopers & Lybrand, mající již zkušenosti s analyzováním fungování ČT z dřívější doby. K organizačním změnám v ČT postupně docházelo, v polovině roku 1998 vznikl například útvar pro strategický rozvoj. Byl však prozatím zachován tzv. producentský systém, jeden ze základních principů vnitřního fungování ČT, a k výraznějším strukturálním změnám mělo dojít koncem roku 1999 po vnitřní diskusi o adaptaci producentského systému a ředitelství programu. Představu vedení ČT o vývoji programu, o zvyšování efektivity, finanční transparentnosti a vytváření soudržnější organizační struktury představil v závěru roku 1998 dokument Česká televize na prahu třetího tisíciletí o cílech ČT v následujících dvou letech.
Jakub Puchalský rovněž usiloval o diskusi o poslání a postavení televize veřejné služby. Komunikace nového vedení ČT s veřejností i zaměstnanci ČT však narážela od počátku na problémy a sporné body. Vedením ČT proklamovaná snaha o posílení veřejnoprávnosti programu ČT se někdy dostávala do napětí s kroky uplatněnými tímtéž vedením v programu, v nichž byly spatřovány tendence právě opačné. V očích části veřejnosti byl velmi sporným hlavně projekt Třicet návratů, v jehož rámci byla uvedena repríza normalizačního seriálu Třicet případů majora Zemana, a ostrý konflikt mezi vedením ČT a oponenty projektu a způsobu jeho prezentace na obrazovce byl po mnoho dní jednou z hlavních událostí v republice. Ve vnitřní komunikaci v ČT se projevovala rostoucí bariéra mezi nejvyšším vedením ČT a ostatními pracovníky ČT.
Problém v řízení ČT naznačovalo provizorium v obsazení funkce ředitele programu po odchodu Martina Bezoušky v polovině roku 1999, jehož funkci musel převzít dosavadní ředitel pro strategický rozvoj Gordon Lovitt. Jeho byť provizorní nominace byla odbornou veřejností kritizována a Jakub Puchalský nenašel pro funkci ředitele programu ČT jiného kandidáta.
Přibližně rok a půl Jakub Puchalský ve funkci generálního ředitele nacházel oporu v Radě ČT. V listopadu 1999 však Rada ČT zhodnotila vývojové trendy ČT, došla ke konstatování, že vedení ČT projevilo nerozhodnost v prosazování koncepčních změn a nebylo schopno zřetelně vysvětlit své záměry, a požádala generálního ředitele o neprodlené kroky k řádnému obsazení funkce programového ředitele, ke zřetelnému vymezení kompetencí vedoucích pracovníků a k jednání s nezávislými producenty a tvůrci. Jakub Puchalský odmítl usnesení Rady ČT jako nepřiměřené a ultimativní a požádal o vyslovení důvěry.
Rada ČT hlasovala 8. prosince 1999 o odvolání generálního ředitele. Pro odvolání se vyslovila většina, 5 z 9 členů, avšak nebyla dosažena kvalifikovaná dvoutřetinová většina nutná pro odvolání. Jakub Puchalský považoval nicméně usnesení Rady ČT za vyslovení nedůvěry a 15. prosince 1999 podal rezignaci. Zůstal ve funkci ještě půldruhého měsíce až do volby nového generálního ředitele. Jedním z posledních kroků Jakuba Puchalského bylo zastavení projektu strukturálních změn, který měl pokračovat změnami organizační struktury ČT k počátku roku 2000.