PORT

Záznam chatu ze středy 9. září 2009

Přemek: „Dobrý den. To, co děláte, považujete za základní nebo aplikovaný výzkum? Nebo se pohybujete někde v "šedé" zóně?“

doc. Mgr. Jiří Damborský, Dr.: „Dobrý den, zdravím diváky České televize, v naší výzkumné skupině řešíme paralelně několik projektů z nichž některé směřují k získání základních poznatků o evoluci a fungování enzymů (základní výzkum), zatímco jiné mají za cíl vyvinout nové enzymy pro praktické použití, např. likvidaci nebezpečných látek, detekci chemických látek v životním protředí nebo syntézu prekurzorů léčiv (aplikovaný výzkum).“

Pavel, Olomouc: „Pane docente, dala by se aplikovat "řízená evoluce" i na vyšší organizmy než jsou bakterie?“

doc. Mgr. Jiří Damborský, Dr.: „Ano, řízenou evoluci lze použít i na vyšší organismy. Metoda sestává ze dvou kroků. V prvním kroku se generující varianty genu (nebo genomu) a ve druhém kroku se provádí výběr pouze těch variant, které splňují požadované vlastnosti, např. vyšší stabilitu, aktivitu, specifitu. Pro generování variant máme dnes k dispozici několik desítek různých molekulárně-biologických technik, které lze aplikovat na DNA jakýchkoliv organismů.“

Věra, Praha 2: „Potřebujete k tomu, aby se nežádoucí chemická látka v přírodě rozložila, celou bakterii s pozměněným enzymem, nebo stačí rozptýlit enzym samotný?“

doc. Mgr. Jiří Damborský, Dr.: „K rozkladu nežádoucích látek lze použít jak enzymové preparáty, tak bakterie obsahující aktivní enzym. Výběr technologie záleží na typu rozkládané látky a na prostředí, ve kterém se látka nachází. Použití geneticky upravených bakterií ve volném prostředí není v současné době možné z legislativních důvodů. Geneticky upravované bakterie mohou být použity pouze v uzavřeném systému (např. bioreaktoru).“

Jindra z Brna: „Už se ozvala nějaké firma, která by měla zájem vaše enzymy vyrábět?“

doc. Mgr. Jiří Damborský, Dr.: „Enzymy izolované a biochemicky charakterizované v naší výzkumné skupině v současné době vyrábí biotechnologická spin-off Masarykovy univerzity - Enantis. Firma sídlí v biotechnologickém inkubátoru v Univerzitním kampusu Bohunice. Produkce enzymů je postačující pro uspokojování zájmu firem, které chtějí naše enzymy testovat pro vlastní aplikace. V posledních dvou letech jsme rozeslali dvě desítky vzorků zahraničním firmám pracujícím v oblasti dekontaminace yperitických látek, syntézy opticky čistých alkoholů a potravinářství. Velkoobjemová produkce našich enzymů je ve vývoji.“

Václav, Kroměříž: „Jak vlastně budou probíhat testy bezpečnosti použití pozměněných enzymů v přírodě? Jak se zajistí, aby nespáchaly víc škody, než užitku?“

doc. Mgr. Jiří Damborský, Dr.: „Tuto otázku by lépe zodpověděl odborník na analýzu rizik. Osobně se domnívám, že praktické použití enzymů, které vznikly cílenou mutagenezí přirozených proteinů je velmi bezpečné. Například v našem projektu jsme pozměnili pouhých 5 aminokyselin ze 300, což znamená, že sekvenční identita původního a nově vyvinutého enzymu dosahuje >98%. Variabilita námi studovaných enzymů v bakteriích volně žijících v prostředí je vysoká - sekvenční identita dosahuje pouhých 20%. V prostředí se tedy již vyskytují enzymy, které příroda velmi významně pozměnila a díky evoluci k dalším změnám dochází prakticky neustále. V laboratoři se snažíme přírodu v tomto pozměňování (velmi nedokonale) napodobovat.“

jančík: „Dobrý den,moc Vám fandím,jste můj favorit...prozraďte co po tomto chatu plánujete dělat i v budoucnosti?????“

doc. Mgr. Jiří Damborský, Dr.: „Děkujeme za podporu! Rádi bychom některé naše projekty dotáhli do praktických výstupů. Chtěli bychom uvidět, že jsou naše enzymy užitečné a používají se v praxi. Pracujeme na vývoji dekontaminační směsi a biosensorech. V oblasti základního výzkumu se věnujeme studiu stability a enantioselektivity enzymů, s kolegy z Heyrovského ústavu v Praze studujeme roli vody na funkci proteinů. Neustále izolujeme nové enzymy z bakterií - nově se zaměřujeme na enzymy z organismů žijících v extrémních podmínkách, např. v horkých pramenech. Ve spolupráci s kolegy z Fakulty informatiky MU a Fakulty informačních technologií VUT vyvíjíme počítačové programy pro racionální design proteinů (http://loschmidt.chemi.muni.cz/caver/ a http://loschmidt.chemi.muni.cz/hotspotwizard/). Připravujeme nový projekt v oblasti syntetické biologie, což je mladý vědní obor, od kterého se očekávají řešení zásadní problémů moderní společnosti – obnovitelné zdroje energie, nová léčiva, potraviny pro všechny, apod. V novém Univerzitním kampusu v Bohunicích máme pro naši práci ideální podmínky. Rách bych touto cestou poděkoval všem, kdo se o jeho výstavbu zasloužili. Na shledanou, Jiří Damborský“