U takto dlouhých letů bylo běžnou praxí střídání pilotů během cesty, prostřední úsek obvykle řídila zastupující posádka. Tentokrát měla převzít kontrolu nad strojem zhruba po třech až čtyřech hodinách po vzletu a předat ji zpět krátce před přistáním v Káhiře. Kapitánem byl Ahmed el Habši, prvním důstojníkem Adíl Anwar. Záložní posádku tvořili kapitán Núr el Dín a první důstojník Gamal el-Batútý. Během nočních letů nad Atlantickým oceánem obvykle nedocházelo k žádným potížím, řízení bylo obvykle po několik hodin zajišťováno vysoce automatizovanými systémy, tato fáze cesty tak patřila k nejklidnějším.

Zoufalý kapitán se snažil zbrzdit klesání vysunutím vzdušných brzd na křídlech. Stroj tak začal zpomalovat. Stále však ještě prudce klesal, ale příď letounu se pomalu zvedala. Nulovou gravitaci vystřídalo dvojnásobné přetížení. Vzápětí přestaly fungovat motory a výpadek proudu vrhl letadlo do tmy. Záznamová zařízení v kokpitu přestala zapisovat. O dění během následujících dvou minut tak neexistují žádné záznamy. Radary ale ukázaly, že letoun začal opět stoupat. Z pěti tisíc metrů vystoupal do výšky sedmi a půl kilometru. Konstrukce stroje byla oslabena vlivem výjimečných rychlostí a manévrů. Letoun se znovu dostal do dalšího prudkého pádu a došlo k odtržení levého motoru.

V 1.52 zmizel Boeing 767 letu 990 společnosti EgyptAir z radarů...

První kroky vyšetřovatelů se soustředily na prověření, zda se letoun nestal předmětem teroristického útoku. Po důkladném prošetření tuto variantu vyloučili. Analýza dat neprokázala ani žádnou závadu technické povahy. Ze statistik vyplývalo, že za většinou chyb způsobených piloty stojí špatné počasí. Toho dne ale bylo jasno s dobrou viditelností a v kokpitu seděla zkušená posádka. Vyšetřování se nakonec soustředilo na dvě verze – selhání techniky, nebo člověka.

Egyptští odborníci přičítali podivné chování prvního důstojníka náhlým nečekaným propadům letounu, které ho přiměly přejít na ruční řízení. S tím ovšem nesouhlasili američtí experti, kteří si stáli za tím, že nenalezli na stroji žádnou závadu, která by náhlý pokles stroje mohla způsobit. Podle údajů z datového zapisovače po vypnutí autopilota stlačil el-Batútý řídící páku od sebe, čímž spustil výškové kormidlo. Poté stáhnutím plynu snížil výkon motorů. Následkem toho se stroj překlopil do pádu. Egypťané tvrdili, že nešlo o záměr. Podle nich mohlo dojít k poruše výškovky, kterou sám nedokázal zvládnout.

Tuto teorii podporovala i další skutečnost. Při zkoumání trosek byly objeveny tři nezvykle prasklé nýty, které byly součástí výškového kormidla. Egyptští experti nalezli na jejich povrchu rýhy, které ukázaly, že nýty praskly ve dvou různých směrech. Jeden se dal připsat nárazu do hladiny. Druhý lom ale musel vzniknout ještě dříve a mohl svědčit o zablokování výškovky, které by piloti nedokázali zvládnout.

Necelé tři týdny po neštěstí přinesla média zprávu, že Gamal el-Batútý těsně před nehodou několikrát prohlásil „odevzdávám se do rukou božích“. To vyvolalo četné dohady o tom, zda nebyl militantní islamista. Jeho zastánci však oponovali, že slova byla špatně vyložena a měla znamenat: „Spoléhám na Boha.“ Podle nich lidé tuto frázi používají, když usedají za volant, než vyrazí na cestu domů a studenti ji pronášejí na začátku zkoušky. Je to veskrze pozitivní rčení. Objevila se i teorie, že chtěl spáchat sebevraždu nebo se pomstít zaměstnavateli. Bylo mu skoro šedesát a stále zůstával prvním důstojníkem. Odtud mohlo pramenit určité nepřátelství k letecké společnosti. Navíc měl jisté finanční problémy související s krytím lékařské péče pro členy rodiny.

Proč se doopravdy Boeing 767 zřítil do hlubin Atlantiku, se už tak rodiny obětí pravděpodobně nikdy nedoví.