Historie projektu začala před několika lety, kdy dostal režisér Roman Vávra nabídku ke spolupráci na nové pohádce od tehdejšího hlavního dramaturga dětského vysílání České televize Jury Kavana. Romana Vávru podle jeho slov zlákala v té době především možnost spolupráce s jedním z nejlepších českých scenáristů Milošem Macourkem. Jeho podmínkou však byla úzká spolupráce na scénáři a to, že projekt přeroste rámec komorního televizního žánru a bude určen pro plátna kin. A tak pohádka Čert ví proč začala být budována a produkována jako koprodukční projekt tří veřejnoprávních televizních stanic – české, slovenské a německé.
Po roce intenzívní práce Romana Vávry a Miloše Macourka, která dospěla do stadia námětu, navrhl sám Macourek, který již v té době zápasil se zdravotními potížemi, aby byl k projektu přizván další scenárista. Roman Vávra po dohodě s dramaturgií ČT oslovil Ondreje Šulaje. Současně však došlo ke změně na dramaturgických postech v České televizi, přípravné práce byly přerušeny a pohádka hledala nového garanta. Vedení České televize navrhlo možnost, aby do projektu vstoupil externí producent. Produkce se ujímá Richard Němec a jeho společnost Verbascum a práce začaly v podstatě od začátku.
Následoval další rok přípravných prací. Prodlevy zasáhly například do obsazení filmu – do jedné z rolí se například počítalo s Vlastimilem Brodským, z časových důvodů odřekl Bolek Polívka, přeobsazena musela být role princezny, protože původně vybraná představitelka během dvou let prostě příliš dospěla. Hlavní dívčí představitelku, slovenku Táňu Pauhofovou našel Roman Vávra na posledním konkursu počátkem roku 2002, představitele prince – neherce Štěpána Kubištu vybral v podstatě náhodou týden před samotným začátkem natáčení.
Musely se najít i některé nové lokace, na Pernštejn, na němž režiséra zaujal půvab sto let starých střech s mechovou patinou, nastoupili pokrývači a nešťastní filmaři tu našli nové, zářivě červené střechy, nakonec však nenašli žádnou lepší lokaci, tak si museli s novou střechou poradit. Změnit se musely i lokace v kladenských hutích, které v mezičase získaly jiné majitele, kteří původně nalezené prostory, tedy spíše jejich zařízení sešrotovali.